Фамилия Жайнаков — яркий пример тюркского наследия в русских фамилиях, и её разговор стоит начать не с разбора корня, а с географии. Она почти наверняка ведёт родословную из Казахстана, Киргизии или южных регионов России, где сильно влияние тюркских языков. В русском ономастиконе такие фамилии встречаются редко, и их носители обычно происходят из смешанных или казачьих семей, где тюркское имя давали ещё до крещения.

Основа фамилии — личное имя Жайнак. В казахском и киргизском языках «жайна» значит «сиять, блистать», а «жайнак» — уменьшительно-ласкательная форма: «сияющий», «блистательный». Это не прозвище, а имя-пожелание, которое родители давали ребёнку в надежде на его удачу и яркую судьбу. Суффикс -ов в фамилии — уже русский патронимический показатель, который добавили при адаптации в документах Российской империи: Жайнак превратился в Жайнаков, то есть «сын Жайнака».

Встречается и вариант написания Жайнаков с ударением на второй слог, что характерно для южнорусских говоров и казахского произношения. Если бы фамилия формировалась в чисто тюркской среде, она звучала бы как Жайнакулы или Жайнак-уулу, но русский суффикс -ов указывает на то, что предки носителя фамилии жили в многонациональной среде и были включены в сословную систему Российской империи — скорее всего, как казаки, крестьяне или мелкие чиновники.

Споров вокруг этимологии почти нет: значение «сияющий» признаётся всеми основными исследователями тюркской ономастики. Слабая альтернатива — связь с диалектным словом «жайнак» в значении «болтун» или «хвастун» (от «жайнау» — «бахвалиться»), но она менее правдоподобна, так как имя-пожелание в традиции всегда перевешивает прозвище с отрицательным оттенком.

В современной России фамилия Жайнаков остаётся редкой. Она не встречается в старых боярских списках и дворянских родословных — это фамилия народная, крестьянско-казачья. Её носители, скорее всего, потомки тех, кто в XVIII–XIX веках нёс службу на южных границах или занимался скотоводством в степях.