Фамилия Ждкенов — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа «ждкен» не имеет очевидного значения ни в русском, ни в тюркских языках, что сразу настораживает и требует разбора. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированный вариант иноязычной, возможно, казахской или другой тюркской фамилии, записанной на слух.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия означает «сын (потомок) Ждкена». Но что такое «Ждкен»? В русском языке нет корня «ждк-». Самая правдоподобная версия — это искажение при записи в документах. В тюркских языках (например, в казахском) существует имя Жакен (или Жақып — аналог библейского Иаков/Якуб). При слабой дикции или неверном восприятии на слух «Жакен» могло превратиться в «Ждкен» (звук «а» редуцировался или выпал, а «к» озвончился перед глухим?). Другой вариант — основа восходит к слову жекен (в казахском — «осока», или как прозвище человека с жёстким, «колючим» характером), но тогда начальное «ж» в фамилии необъяснимо.

Географически фамилия Ждкенов почти наверняка привязана к Казахстану или регионам с компактным проживанием казахов (Оренбуржье, Астраханская область). В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках такая запись — результат ошибки писаря, который записывал тюркское имя на слух, не зная его точного написания. Социально предки носителя фамилии — скорее всего, казахи из простого сословия, получившие фамилию при массовой паспортизации в 1920–1930-е годы, когда искажения были массовым явлением.

Уникальная деталь: фамилия Ждкенов — пример так называемой «гаплологии на письме» (выпадение слога или звука при фиксации). Если сравнивать с однокоренными, то правильная форма, вероятно, Жакенов (от имени Жакен) или Жекенов (от прозвища). Фамилия Ждкенов — её искажённый, «канцелярский» вариант, который закрепился за одной семьёй. Споров между версиями нет: первая (от имени Жакен) — основная, вторая (от «жекен») — менее вероятна из-за фонетики.