Фамилия Жекенов — один из тех случаев, где на первый план выходит не славянская, а тюркская основа, и разбирать её стоит именно с этого угла. В русской среде фамилия выглядит как типичная патронимическая модель на -ов, но корень здесь не от христианского имени, а от тюркского имени Жекен (или Джекен). Это имя, в свою очередь, — фонетическая адаптация арабского Джа‘фар (в русской традиции чаще известного как Джафар или Якуб). Смысл имени Джа‘фар — «ручей», «источник», «тот, кто даёт воду», что в кочевых культурах было не просто метафорой, а жизненно важной характеристикой.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Жекенов буквально значит «сын Жекена» или «из рода Жекена». Модель образования типична для русификации фамилий в среде тюркских народов Российской империи — особенно у казахов, татар, башкир. Когда в XIX веке начался массовый учёт населения, многие тюркские имена и прозвища получили русские фамильные окончания. Так Жекен стал Жекеновым, а его потомки закрепили эту форму в документах.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным тюркским словом «жекен» — так в некоторых говорах называют осоку или камыш. Если прозвище дали человеку, жившему у болотистой реки или занимавшемуся плетением из камыша, фамилия могла возникнуть от топографического признака. Но в ономастике первая версия — от личного имени — встречается чаще и надёжнее подтверждается.

Географически фамилия Жекенов почти не встречается за пределами Казахстана и прилегающих регионов России (Оренбургская, Астраханская области). Это указывает на достаточно узкую этническую и локальную привязку: носители фамилии — в основном потомки казахских родов. В этом смысле фамилия не «общерусская», а региональная, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если вы Жекенов, велика вероятность, что ваши предки кочевали в степях между Уралом и Иртышом.

В написании фамилии стоит обратить внимание на двойную «н» в корне: в тюркском имени Жекен конечный звук «н» не удваивается, удвоение появилось уже в русской канцелярской записи. Встречаются варианты Жекенов и Жекеновъ (дореволюционное написание), но современная норма — с одной «н» в окончании.