Фамилия Жекеева происходит от мужского имени Жекей, которое было распространено у казахов. Это имя, как и многие другие тюркские имена, могло быть образовано от слова «жөке» — «липа». В прошлом имена по названиям деревьев, растений и животных давали часто: считалось, что они приносят удачу или связывают человека с природой.

Но у имени Жекей есть и другие возможные корни. В казахском языке существовало слово «жәке» — почтительное обращение к старшему мужчине, вроде «уважаемый» или «старший». Если имя пошло оттуда, то оно указывало на почтение к старшему в роду. Третья версия отталкивается от прозвища: жекеем называли дорогой женский головной убор или нарядную одежду. Прозвище Жекей могли дать человеку, который любил и умел красиво одеваться, следил за собой.

Фамилия построена по простой словообразовательной модели: к основе Жекей добавили суффикс -ев (в женском варианте — Жекеева). Такая модель типична для русских фамилий, образованных от тюркских имен, — суффикс указывает на принадлежность («сын Жекея»). Встречается фамилия в основном у казахов и в регионах России, где исторически жили тюркские народы, например, в Оренбургской, Астраханской областях.

Какую из трёх версий считать основной — вопрос открытый. Самая прочная опора у версии с «липой»: имена от названий деревьев — массовое явление в тюркской ономастике, и здесь не нужно притягивать дополнительные значения. Версия с обращением «жәке» тоже правдоподобна, но менее конкретна. А прозвище от одежды — скорее народная этимология: связь с головным убором возможна, но не подкреплена широкой традицией имён-прозвищ такого типа.