Фамилия Жекенова — женская форма фамилии Жекенов, и её происхождение стоит искать не в русском, а в тюркском именнике. Основа здесь — личное имя Жекен, которое представляет собой казахскую или башкирскую форму имени, восходящего к арабскому «Джафар» (в значении «ручей», «источник»). В тюркской среде звук «дж» часто переходил в «ж», а «ф» мог заменяться на «п» или «к», поэтому Жекен — это местный вариант, закрепившийся в устной традиции. Таким образом, предок носительницы фамилии, скорее всего, был назван в честь Джафара — имени одного из сподвижников пророка Мухаммеда, что указывает на исламский культурный слой в роду.

Модель образования фамилии типична для регионов, где русская администрация фиксировала тюркские имена с помощью суффикса принадлежности -ов/-ев. В XIX — начале XX века, при переписях и выдаче паспортов, казахские и башкирские имена часто русифицировали: Жекен становился Жекеновым, а его дочь или жена — Жекеновой. Суффикс -ов здесь не указывает на прямое отчество в русском понимании, а служит формальным маркером фамилии. Окончание -а в женской форме — грамматическая норма, не меняющая смысла.

Географически фамилия Жекенова наиболее распространена в Казахстане, особенно в Западно-Казахстанской, Актюбинской и Атырауской областях, а также среди башкир в Оренбуржье. Встречается она и у татар, но реже. Это значит, что корни семьи, вероятно, связаны с кочевым или полукочевым скотоводческим бытом: предки могли быть чабанами, табунщиками или заниматься перегоном скота. Имя Джафар (Жекен) не было редким, поэтому фамилия не указывает на знатное происхождение, а скорее на рядового члена рода, получившего имя в честь религиозного деятеля.

Однокоренные фамилии — Жекенов, Жекенбаев, Жекенулы — помогают увидеть вариативность: если в основе лежит не имя, а прозвище, то в некоторых тюркских диалектах «жекен» могло означать «высокий» или «долговязый» (от слова «жек» — «длинный»). Однако эта версия менее убедительна, так как имя Жекен как вариант Джафара фиксируется в документах и родословных чаще, чем прозвище. Спорных гипотез здесь немного: основная линия ясна — это фамилия от личного имени с исламским корнем, адаптированного в степной среде.