Фамилия Жексенова — женская форма мужской фамилии Жексенов, и её разбор стоит начать с необычного корня. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от славянских имен или прозвищ, Жексенов имеет тюркское происхождение. Основа «Жексен» восходит к казахскому имени Жексен (Жаксылык, Жексенбай), которое в свою очередь связано с числительным «жексен» — «семь» или с корнем «жаксы» — «хороший», «добрый». В казахской ономастике имя Жексен нередко давали седьмому ребенку в семье или желали ребенку счастливой доли.

Суффикс «-ов» указывает на русскую модель образования фамилий, которая в XIX–XX веках активно накладывалась на тюркские имена у народов, вошедших в состав Российской империи. Таким образом, Жексенов — это не чисто русская фамилия, а результат межкультурного контакта: тюркское личное имя плюс русский патронимический суффикс. Встречается она преимущественно в Казахстане, Оренбургской, Астраханской областях и среди казахов, живущих в других регионах России.

Мужская форма Жексенов могла принадлежать человеку, чей отец или дед носил имя Жексен. В традиционных обществах такие фамилии часто закреплялись за целым родом, и предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами, земледельцами или воинами — в зависимости от региона. Интересно, что фамилия не имеет варианта с суффиксом «-ин», что типично для тюркских основ: «Жексенов» — единственная распространённая форма.

С точки зрения русского языка фамилия склоняется по второму склонению: Жексенова, Жексеновой и так далее. В казахском языке ударение падает на последний слог — Жексено́в, хотя в русской среде возможны колебания. Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых, но её носители есть в базах данных по Казахстану и южным регионам России.