Фамилия Жексенаева — редкий случай, когда географический и языковой источник почти не вызывает споров. Её основа — казахское мужское имя Жексен (Жексенбай, Жексенгельды), образованное от слова «жексенбі» — воскресенье. У многих тюркских народов, в том числе у казахов, существовала традиция называть ребёнка по дню недели, в который он родился. Формант -ев (фонетический вариант -ов после мягких основ) — стандартный русский патронимический суффикс, который в XIX–XX веках массово добавляли к фамилиям при документальном оформлении, особенно в среде казахов, получавших российское подданство и паспорта. Финальное -а — показатель женского рода в русской грамматике: Жексенаева — это форма, закреплённая за женщиной или перешедшая в документы в таком виде (встречается, когда фамилия фиксировалась по матери или когда носительница выходила замуж и меняла фамилию мужа на женский вариант). В мужском варианте фамилия звучала бы как Жексенаев, но в быту и в современных базах данных форма на -а нередко становится общей для обоих полов.

Обычно фамилии на -ев/-ов в среде казахов указывают на то, что предок был крещён или имел тесные контакты с русской администрацией — например, служил в казачьих войсках, работал переводчиком или вёл торговлю. Однако имя Жексен (от «воскресенье») оставалось сугубо мусульманским, так что речь идёт не о смене веры, а о бюрократической русификации. В казахской среде существовали и фамилии без русского суффикса — например, просто Жексен, — но вариант с -ев закрепился в письменных источниках.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Жексен- + суффикс -ев + окончание -а. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Жексе́наева. Похожие модели встречаются у фамилий Жексенов, Жексенбаев, Жексенгельдиев — все они восходят к тому же имени-оберегу. Географически фамилия Жексенаева концентрируется в Западном Казахстане (Атырауская, Мангистауская области) и прилегающих регионах России — Астраханской, Волгоградской областях, где исторически жили казахские роды.

Сословное происхождение определить сложно: имя Жексен не было аристократическим, его давали и детям простых скотоводов, и представителям знати. Единственное, что можно сказать с уверенностью: предок носителя фамилии родился в воскресенье, и это событие сочли настолько важным, что оно легло в основу родового имени.