Фамилия Жукенова — женская форма фамилии Жукенов. В её основе лежит прозвище Жукен, которое, в свою очередь, образовано от нарицательного «жук». Словообразовательная модель проста: к корню «жук» добавляется уменьшительно-ласкательный суффикс «-ен», типичный для русских прозвищ (сравните: кот — Котен, лещ — Лещен). Затем фамилия оформляется по стандартной русской модели с суффиксом «-ов», указывающим на принадлежность: «чей?» — Жукенов.

Значение прозвища Жукен неоднозначно и зависит от контекста. В древнерусской традиции давать ребёнку «защитное» имя от насекомого, животного или растения было распространённым обычаем. Считалось, что, называя младенца Жуком или Жукеном, родители «обманывают» злых духов: дитя якобы не человек, а часть природы, и потому не представляет интереса для нечистой силы. Одновременно с этим имя могло нести пожелание, чтобы ребёнок унаследовал от жука такие качества, как трудолюбие, выносливость или способность «пробивать» себе дорогу.

Вторая, более приземлённая версия, связана с внешностью. В северных и центральных русских говорах «жуком» и производными от него прозвищами часто называли черноволосого, смуглого человека — по аналогии с чёрным цветом надкрылий майского или навозного жука. Если предок носителя фамилии был темноволосым, прозвище Жукен могло закрепиться за ним именно по этому признаку.

Фамилия Жукенова встречается в разных регионах России и Казахстана, что может указывать на смешанное происхождение: русское (от прозвища) и тюркское (где «жук» также могло быть основой для личного имени, хотя в тюркских языках это слово не является исконным). В отличие от более распространённых фамилий Жуков или Жукин, форма с суффиксом «-енов» встречается реже, что делает её ценной для генеалогического поиска — она сужает круг возможных предков и регион их проживания.