Фамилия Жаукенова — женская форма фамилии Жаукенов. Её основу составляет мужское личное имя Жаукен. Это имя распространено у казахов и в некоторых других тюркских народах. Вероятнее всего, оно образовано от казахского слова «жау» — враг, неприятель. В таком случае имя Жаукен могло иметь значение «победитель врагов» или «тот, кто борется с врагами». В именах с корнем «жау» нередко закладывался пожелательный смысл: родители надеялись, что сын вырастет сильным и мужественным защитником рода.

Модель образования фамилии типична для русского языка, но по отношению к тюркской основе. Суффикс -ов (в женском роде -ова) присоединился к имени, и получилась патронимическая фамилия — по отцу. Такие фамилии в среде казахов и других народов Центральной Азии стали массово оформляться в XIX — начале XX века, при переписях и паспортизации, когда требовалось записать человека по отчеству или имени деда. Таким образом, Жаукенов — буквально «сын Жаукена».

Встречается фамилия в Казахстане и среди казахской диаспоры. В России она редка. Имя Жаукен не стоит путать с более известным казахским именем Жауке — это разные корни. С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: основа ясна, суффикс стандартный. Спорных версий здесь нет, поскольку имя сохранилось в живом употреблении.