Фамилия Жаукен — редкий пример фамилии, образованной напрямую от личного имени, без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Её основа — мужское имя Жаукен, которое встречается у тюркских народов, в первую очередь у казахов. В казахском языке имя Жаукен (Жәукен) имеет прозрачную внутреннюю форму: оно восходит к слову «жау» — «враг, неприятель» и аффиксу -кен, который часто используется при образовании имён со значением «побеждающий, одолевающий». Таким образом, исходное имя означает «побеждающий врага» или «тот, кто одолевает недруга». Это типичная для кочевой воинской культуры модель имени-пожелания, которая должна была дать мальчику силу и удачу в столкновениях.

Сама фамилия Жаукен не склоняется по падежам (как и другие фамилии на согласный, не имеющие типичных русских окончаний) и не изменяется по родам: и мужчина, и женщина будут Жаукен. В русском языке такие фамилии закрепились в форме именительного падежа, без добавления суффикса принадлежности. Это отличает её от массы фамилий, образованных от тюркских корней через русскую модель: например, Жауков или Жаукенов. Отсутствие суффикса указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах (скорее всего, в XX веке), когда при записи имени в паспорт просто перенесли его в неизменном виде.

Географически фамилия Жаукен сосредоточена в Казахстане, особенно в южных и центральных регионах, где распространены родоплеменные имена. В России она встречается редко, в основном среди казахской диаспоры или потомков казахов, переселившихся в соседние области. Сословно носители этой фамилии скорее всего происходили из среды простых кочевников-скотоводов или воинов, так как имя не несёт аристократического оттенка и не связано с титулами.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Жауке, Жаукенов, Жауков — показывает, что все они восходят к той же основе «жау». Но именно форма Жаукен сохранила исходное имя почти без изменений, что делает её ценной для ономастики как пример прямой передачи тюркского антропонима в фамильный фонд. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается, что подтверждает её региональный и этнически специфичный характер.