Фамилия Жебрайтис — редкий для русского слуха пример литовской модели фамилии, которая попала в русский контекст и закрепилась в неизменной форме. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не в сторону восточнославянских суффиксов (-ов, -ин), а в сторону балтийской ономастики.

Основа фамилии — литовское слово «žebras» или «žebris», которое в старолитовском языке означало «зебра», но не в современном зоологическом смысле, а как прозвище. В народной традиции литовцы часто давали прозвища по цвету или окрасу: так могли назвать человека с полосатой одеждой, со светлыми и тёмными прядями в волосах или просто с пёстрой внешностью. Суффикс «-айтис» (в русской записи — «-йтис») — типичный литовский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду или происхождение от отца. Буквально Жебрайтис — это «сын Жебраса» или «потомок того, кого прозвали Зеброй».

В XIX веке, когда происходила массовая русификация литовских фамилий, многие литовцы получили русские окончания (-ов, -ев). Однако часть фамилий, особенно в западных губерниях (Ковенской, Виленской), сохранила оригинальное литовское окончание. Фамилия Жебрайтис — именно такой случай: её не переделывали, а вписали в документы в литовской форме, что говорит о том, что предки носителя жили в местности с сильным литовским самосознанием или записывались в период, когда русификация ещё не была жёсткой.

С точки зрения социального статуса, литовские фамилии с суффиксом «-айтис» чаще всего принадлежали крестьянам и мелкой шляхте. Дворянские роды обычно имели окончания «-ский» или «-евич». Поэтому Жебрайтис — это, скорее всего, фамилия крестьянского или однодворческого происхождения, без связи с гербом или знатным родом.

Интересно, что в русском языке фамилия обычно не склоняется (мужская — Жебрайтис, женская — Жебрайтис), что для носителей непривычно, но лингвистически верно: в литовском языке такие фамилии склоняются по своей парадигме, а в русском они застывают как иноязычные заимствования. Встречается вариант написания с двумя «с» на конце — Жебрайтисс, но это редкая описка, не меняющая этимологии.