Фамилия Желтопуп — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища. В её основе лежит сочетание двух корней: «желт-» (цвет) и «-пуп» (часть тела). Прямое значение прозвища — «жёлтый пуп», что для современного уха звучит диковато, но в крестьянской среде XIV–XVII веков такие бытовые прозвища были нормой.

Вероятнее всего, прозвище Желтопуп дали человеку с заметной физической особенностью — например, с желтоватым оттенком кожи в области живота, что могло быть следствием болезни (желтуха) или просто родовой отметины. Вторая, менее очевидная версия отсылает к диалектному значению слова «пуп» — возвышенность, холм. Тогда Желтопупом могли назвать человека, жившего на жёлтом (глинистом или песчаном) пригорке. Однако первая версия правдоподобнее: прозвища по цвету кожи («Белопупов», «Краснопупов») фиксируются в русских писцовых книгах, и «Желтопуп» вписывается в этот ряд.

Фамилия образована по стандартной модели «прозвище + нулевой суффикс»: прозвище Желтопуп перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, как это часто бывало у непривилегированных сословий. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые добавляли суффикс к основе (Желтопупов), форма Желтопуп — более архаичная и редкая. Она могла закрепиться в северных или сибирских говорах, где фамилии-прозвища в чистом виде держались дольше, чем в центральной России.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого упоминания Желтопуп нет — это нетиражированная, локальная фамилия. Её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких соседних деревень, где прозвище дали одному человеку, а потом оно закрепилось за его потомками. Сословно — почти наверняка крестьяне или однодворцы: фамилии подобной структуры редко встречаются у дворянства или духовенства.

Сравните с однокоренными: Желтопупов (более частый вариант с суффиксом), а также Белопупов, Краснопупов, Синепупов — все они указывают на одну модель народной антропонимии, где цвет кожи или родинка становились главным опознавательным знаком человека.