Фамилия Жиборкин — редкий случай, когда прозвище не просто перешло в фамилию, а сохранило почти первозданную звуковую форму с XVII века, если не раньше. В основе лежит неканоническое имя или прозвище Жиборка, а оно, в свою очередь, восходит к древнерусскому глаголу «жиборить» — то есть дрожать, трястись, ёрзать на месте. Человек, которого прозвали Жиборкой, скорее всего, был непоседливым, суетливым, постоянно находился в движении — «жиборился». В говорах северных и центральных губерний это слово бытовало именно с таким оттенком: не болезненная дрожь, а излишняя подвижность, которую соседи замечали и закрепляли в прозвище.

Суффикс -ин в окончании указывает на патронимическую модель: Жиборкин значит «сын Жиборки». Это типичное образование для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Фомин, Кузьмин, Ильин). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Жибо́ркин, хотя в устной речи встречаются варианты с ударением на первый из-за неочевидности корня. Примечательно, что фамилия не получила распространения среди дворянских родов — она осталась крестьянской и мещанской, что подтверждается её концентрацией в нескольких районах: в частности, в архивных записях по Тамбовской и Рязанской губерниям XIX века Жиборкины встречаются как государственные крестьяне и однодворцы.

Спорных версий происхождения немного, и все они слабее основной. Иногда пытаются связать Жиборку с литовским «žibėti» (сверкать) или с диалектным «жибарь» (скупой человек), но ни одна из этих гипотез не подкреплена ни географией бытования, ни словообразовательной логикой. Древнерусский глагол «жиборить» документирован в словарях Даля и областных говорах — это и есть самый надёжный ключ.

Стоит обратить внимание на то, что фамилия почти не имеет однокоренных «родственников» в русском ономастиконе. Это не Жиборов и не Жиборищев, а именно Жиборкин — форма, которая застыла в единственном числе, не породив вариантов. Такая редкость делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы встретили Жиборкина в документах, с высокой вероятностью это потомок того самого непоседы из тамбовских или рязанских земель.