Фамилия Жиденкова — одна из тех, где прозвищная основа просвечивает сквозь суффиксы, и её значение лежит на поверхности, но с оговорками. В основе лежит прозвище Жид, а суффикс -енк- (в исходной форме Жиденко) указывает на украинское или белорусское происхождение: в этих землях -енко означало «сын» или «потомок», то есть Жиденко — буквально «сын Жида». Позже, при переселении в центральные области России, фамилию могли русифицировать, добавив типичный русский суффикс -ов, что дало современное окончание -ова в женском варианте.

Что могло означать само прозвище Жид? В старину это слово не было однозначным этнонимом. В народной среде «жидом» нередко называли человека скупого, излишне бережливого, прижимистого — то есть прозвище отражало характер, а не национальность. Однако, конечно, прямое значение «еврей» тоже существовало, и в таком случае прозвище могло указывать на национальность предка или на внешнее сходство с евреем. Обе версии имеют право на жизнь, и без конкретных генеалогических документов выбрать одну сложно.

В исторических источниках встречаются родственные именования. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Жидовинова Елсуфия, помещика (1519 год, Переяславль), а также Жида Михаила, помещика (1578 год, Арзамас). Эти записи показывают, что прозвище и производные от него бытовали в среде служилых людей уже в XVI веке, то есть фамилия имеет давнюю историю. Вполне вероятно, что род Жиденковых ведёт начало от переселенцев с украинских или белорусских земель, где форма на -енко была естественной, а затем, обосновавшись в России, предки адаптировали фамилию под местную норму.