Фамилия Жикунев — одна из тех, где корень не лежит на поверхности. Если отбросить патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Жикуна), мы получаем основу Жикун. А вот что такое «жикун» — вопрос с несколькими вариантами ответа.

Самая прямая версия — прозвище от глагола «жикать». В русских говорах это слово имело два значения: либо «визжать, пищать» (о человеке с тонким, неприятным голосом), либо «стегать, хлестать» (например, кнутом). Прозвище Жикун мог получить либо крикливый, капризный человек, либо, наоборот, тот, кто ловко работает кнутом — пастух или возница. Второе значение встречается реже, но оно более уважительное и могло закрепиться за мастером своего дела.

Другая, менее очевидная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «жик» — в некоторых областях так называли жир, сало. Тогда Жикун — человек плотный, упитанный, возможно, зажиточный. Однако эта версия слабее, так как суффикс -ун в русских прозвищах чаще образует названия по действию (крикун, молчун, бегун), а не по признаку.

В ономастическом словаре Б. Унбегауна фамилия Жикунев не упоминается, но её модель типична для северных и центральных областей России. Фамилии на -ев, образованные от прозвищ с суффиксом -ун, характерны для крестьянской среды: они фиксировали яркую внешнюю или поведенческую черту. Встречаются однокоренные фамилии — Жикунов, Жикин, Жикулин. Разница в суффиксах говорит о разных вариантах прозвища: Жикун, Жика, Жикуля.

Написание «Жикунев» с буквой «и» после «ж» — историческое, подчиняющееся старому правилу: после шипящих писали «и», а не «ы». Никакой путаницы с корнем здесь нет, это чисто графическая особенность дореформенной орфографии, сохранившаяся в фамилии.

Таким образом, предок носителей фамилии Жикунев — скорее всего, человек с заметным голосом или характером, получивший прозвище от глагола «жикать». Сословно это, вероятно, крестьяне или ремесленники из центральной или северной России, где такие прозвища были особенно распространены.