Фамилия Жиличкин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. В основе лежит топоним Жиличи или Жиличи. Такие названия встречаются в Беларуси (например, деревня Жиличи в Могилёвской области) и в западных областях России. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Жилич, а его потомки становились Жиличкиными. Суффикс -кин указывает на принадлежность: «чей?» — Жиличкин, то есть сын или потомок Жилича.

Модель образования здесь нестандартная. Обычно фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Петя — Петин), но Жиличкин — исключение. Основа Жилич (мужское прозвище) даёт форму Жиличин, но народная речь часто усложняет такие варианты вставным -к-, чтобы избежать зияния гласных или просто для благозвучия. Сравните: Кузьмич — Кузьмичкин, Лукич — Лукичкин. Так что Жиличкин — это не уменьшительная форма, а вариант притяжательного прилагательного от прозвища на -ич.

Менее вероятная, но допустимая версия — отчество от нецерковного имени Жилка. В старину Жилкой могли назвать жилистого, выносливого ребёнка. Тогда цепочка была бы: Жилка → Жилич (сын Жилки) → Жиличкин. Однако в этом случае логичнее ожидать фамилию Жилкин, а Жиличкин — уже вторичное образование, что делает эту гипотезу слабой.

Прямой связи с ремеслом или профессией у фамилии нет. «Жилич» не означает «жилец» или «квартирант» — это слово в таком значении не было распространено как прозвище. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами, выходцами из конкретного села Жиличи, и фамилия закрепилась за ними по месту прежнего жительства.