Фамилия Жилинкова — женская форма от Жилинков, а та в свою очередь пошла от прозвища Жилинко. В основе прозвища, скорее всего, слово «жила». В народе так называли человека бережливого до скупости, упрямого спорщика или же того, кто ко всему относится с пристрастием. Однако «жила» могла означать и физическую силу: если вспомнить «жилистого» или «жилявого» человека, то прозвище Жилинко мог получить крепкий, выносливый мужчина.

Есть и другая версия — от диалектного глагола «жилять», то есть жалить, колоть, язвить. Тогда прозвище указывало на острый язык или колкий характер. Реже предполагают связь с глаголом «жить», но это менее убедительно: суффикс -инк- в прозвище скорее указывает на уменьшительно-пренебрежительную форму, которая обычно образовывалась от конкретных качеств, а не от бытийного глагола.

Исторические записи подтверждают, что однокоренные фамилии бытовали в среде служилых людей: в первой половине XVI века известен князь Иван Иванович Жила Лыков, а в 1578 году в Кашире записан Булгак Захарьевич Жилин. Поскольку у дворян фамилии уже сложились, основатель рода Жилинковых, скорее всего, был крепостным или посадским человеком, которому прозвище Жилинко дали в быту, а позже оно закрепилось как семейное имя.