Фамилия Жилинков — типичный пример русской фамилии, образованной по патронимической модели: от прозвища или неканонического имени с помощью суффикса -ов. В основе лежит прозвище Жилинко, которое, в свою очередь, восходит к слову «жила». У этого слова в русских говорах был целый веер значений: от «бережливого, прижимистого человека» и «накопителя» до «упрямца» и «спорщика». Однако прозвище могло описывать и внешность: если человек был «жилявым» или «жилистым», то есть сухощавым, но сильным, его тоже могли прозвать Жилинко.

Менее очевидная, но возможная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «жилять» — язвить, колоть словами. В этом случае Жилинко — острый на язык, насмешливый человек. Совсем редкая гипотеза выводит слово из глагола «жить», но она менее убедительна, так как не объясняет специфической суффиксальной формы.

Исторические записи подтверждают, что корень «жил-» использовался в русских прозвищах издавна. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминается князь Иван Иванович Жила Лыков (первая половина XVI века) и Булгак Захарьевич Жилин (1578 год, Кашира). Форма Жилинко — это уменьшительный или обиходный вариант такого прозвища, который затем закрепился как родовое имя. Фамилия Жилинков, таким образом, означает «потомок Жилинка» и указывает на конкретного предка, носившего это прозвище.