Фамилия Жилинковы — один из тех родовых имен, которые хранят в себе сразу несколько возможных историй. В её основе лежит прозвище Жилинко, которое, в свою очередь, восходит к слову «жила». У этого нарицательного в русском языке было несколько значений, и каждое могло дать начало фамилии.

Самое распространённое толкование — «бережливый человек», почти скупец, или, напротив, «упрямец» и «спорщик». Однако прозвище могли дать и по внешнему признаку: от слов «жилявый» или «жилистый» так называли сильного, сухопарого мужчину с крепкими мышцами. Есть и третья версия — диалектный глагол «жилять» (жалить, язвить), который превращал Жилинко в обидчика или колкого насмешника. Наконец, нельзя сбрасывать со счетов связь с глаголом «жить» — прозвище могло означать «живучий» или «хозяин».

Суффикс -ко в прозвище Жилинко типичен для украинской, белорусской и южнорусской традиции: он придаёт слову уменьшительно-ласкательный или бытовой оттенок. Позже, при оформлении фамилии по русской модели, к основе добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Жилинка».

Исторические документы подтверждают древность этого корня. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упомянут князь Иван Иванович Жила Лыков (первая половина XVI века) и Булгак Захарьевич Жилин (1578 год, Кашира). Это говорит о том, что прозвища на «Жил-» бытовали в среде служилых людей ещё в Московском царстве.

Поскольку у дворянских родов фамилии к тому времени уже сложились, основатель рода Жилинковых, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком. Фамилия закрепилась за его потомками как указание на прозвище предка, которое когда-то дала ему община.