Фамилия Жилинскайте принадлежит к группе фамилий, которые трудно назвать исконно русскими, — её корни уходят в балтийские земли. Перед нами литовско-латвийский вариант польской фамилии Жилински, который был адаптирован под местную грамматику. Характерный суффикс «-айт-» (в мужской форме было бы Жилинскас) — это типичный литовский патронимический показатель, указывающий на происхождение: «сын Жилинскиса». Женское окончание «-е» закрепилось в русском языке за носительницами этой фамилии, что сразу выдаёт её неславянскую природу.

Основа фамилии — прозвище Жила. Тут возможны два прямо противоположных толкования, и каждое по-своему логично. Первое: «жила» в значении «крепкий, сильный, жилистый человек». Такое прозвище давали за физическую мощь, за выносливость — качество, которое в крестьянском быту ценилось высоко. Второе значение, зафиксированное в вологодских говорах, связано с глаголом «жилиться» — скупиться, скряжничать. Здесь прозвище уже указывало бы на черту характера: бережливость, доходящую до прижимистости. Какая из версий верна для конкретного предка — сказать невозможно, но обе рабочие.

Есть и третья, более прозаичная возможность: прозвище Жила могло быть топонимическим, то есть указывать на выходца из деревни Жилино. Таких деревень, сёл и посёлков множество на территории России, Украины и Польши. В этом случае фамилия не описывала человека, а просто говорила: «он из Жилина».

Сама фамилия Жилинскайте — женская форма. По литовской традиции, дочери носят фамилию с суффиксом «-айт-» или «-уте-», а замужние женщины — с «-ене». В русском контексте закрепился именно девичий вариант, что нередко вызывает путаницу: мужчина с такой фамилией в русской записи будет Жилинскас, а не Жилинскайте.

Из известных носительниц — Виктория Юрьевна Жилинскайте (род. 1989), российская гандболистка, заслуженный мастер спорта. Её фамилия — прямое подтверждение литовских корней, хотя сама спортсменка родилась и выросла в России.