Фамилия Жильнио — случай, когда сразу бросается в глаза необычный финал. В русском языке нет исконных фамилий на -ио, это почти всегда маркер иноязычного происхождения. Если отбросить окончание, остаётся основа Жильн-, которая заставляет вспомнить целый куст русских фамилий: Жилин, Жильцов, Жильников. Все они образованы от прозвища или имени Жиля, Жильня — в старину так могли назвать жилистого, худощавого человека (от слова «жила» в значении «сухожилие»), либо, в псковских и новгородских говорах, бойкого, пронырливого. Однако суффикс -ио в русском языке не работает, поэтому Жильнио — это, скорее всего, не исконная русская фамилия, а результат адаптации иноязычной.

Самая вероятная версия — литовское или жемайтское происхождение. В Литве и Беларуси есть фамилии типа Žilnys, Žilnis, которые произносятся близко к «Жильнис». При переходе в русскую среду окончание -ис могло трансформироваться в -ио (по аналогии с польскими и литовскими фамилиями, которые в русских документах записывали на слух). Основа Žil- в литовском означает «синеватый», «серый» (ср. žilas — седой), а суффикс -n- указывает на признак. То есть Žilnys — это человек с сединой, с сизым отливом волос или, в переносном смысле, старый, опытный. В польском языке есть сходное слово żylny, но оно связано с венами и жилами, что возвращает нас к тому же «жилистому» значению, что и в русском.

Вторая, менее вероятная версия — итальянская. Фамилия Gilnio или Zilnio встречается в северной Италии (Пьемонт, Ломбардия), где -io — типичное окончание. В этом случае корень мог восходить к латинскому gĕlĭdus (холодный) или к диалектному прозвищу. Но если носитель фамилии — русскоязычный, то путь через Италию маловероятен: итальянские фамилии почти не проникали в крестьянскую среду Российской империи, а дворянские итальянские роды оставили бы след в архивах с другим написанием (Джильо, Джильни).

География фамилии Жильнио в современной России крайне узкая. По открытым данным, основная масса носителей сосредоточена в Калининградской области и, единично, в Санкт-Петербурге. Это косвенно подтверждает балтийскую версию: Калининградская область — территория бывшей Восточной Пруссии, где после войны осело много переселенцев из Литвы и Беларуси. Фамилия могла быть записана в советских паспортах именно в такой форме из-за ошибки или местной традиции транслитерации.

Таким образом, с высокой долей вероятности Жильнио — это русифицированная форма литовской фамилии Žilnys, означавшей «седой» или «сивый». Предки носителя были крестьянами или мещанами из балтийского региона, а фамилия закрепилась в документах в необычной для русского уха форме.