Фамилия Жильников — типичная русская «отпрозвищная» фамилия на -ов. Её основа — слово «жильник», которое в старину имело два противоположных по окраске значения, и это делает разбор особенно интересным.

Первое и самое частое толкование — прозвище скупого человека, скряги и стяжателя, того, кто «жилится», то есть жадничает, неохотно расстаётся с добром. Второе значение уходит корнями в слово «жилистый»: так могли назвать человека крепкого, выносливого, с сильными «жилами» — либо внешне сухопарого и жилистого, либо по характеру упрямого, настырного, заядлого спорщика. В этом смысле прозвище Жильник сближается с «жила» — человеком, который дотошен, трудолюбив и не отступает от своего.

Подтверждение тому, что основа «Жил-» была распространена в древнерусской антропонимии, находим у С. Б. Веселовского. Он упоминает князя Ивана Ивановича Жилу Лыкова (первая половина XVI века) и Булгака Захарьевича Жилку (1578 год). Оба примера показывают, что прозвища от корня «жил-» бытовали в среде знати и простых людей, причём без строгой привязки к сословию.

Суффикс -ник в прозвище Жильник — типичный для обозначения лица по характерному действию или свойству (ср. «молчальник», «лежебока»). А фамильный суффикс -ов добавился по стандартной модели: «чей сын?» — «Жильников», то есть потомок Жильника.

Интересная деталь: в некоторых говорах «жильник» могло означать не только человека, но и предмет — например, жилу или прожилку в камне, но для прозвища это значение маловероятно. Поэтому основная версия — характер или внешность предка, давшего фамилию своему роду.