Фамилия Жилунова происходит от мужского прозвища Жилун. В его основе лежит слово «жила», у которого в русских говорах было несколько значений. Прямое — подземный водный поток, родниковое русло. Переносное, более известное — скупой, жадный человек. Однако прозвище Жилун могло означать и прямо противоположное качество: так называли сильного, выносливого, жилистого человека — того, в ком «жила» играет.

Есть и ещё одна, менее очевидная, но исторически конкретная версия. В старину, особенно в XVI–XVII веках, Жилунами именовали уездных дворян, находившихся на временной воинской службе при царском дворе. Слово «жить» в значении «пребывать, находиться» здесь становится ключевым: такие дворяне «жили» при дворе, не имея постоянной московской оседлости. В этом случае прозвище Жилун указывало не на характер или внешность, а на род занятий и социальное положение родоначальника.

Суффикс -ун в прозвище типичен для русской антропонимии: он образует названия лиц по характерному действию или свойству (бегун, крикун, говорун). Жилун — человек, которого отличает либо «жилистость», либо статус «живущего при дворе». Фамилия же образовалась по стандартной патронимической модели: Жилун → Жилунов — потомок Жилуна. Форма Жилунова — женская или принадлежащая члену семьи, в мужском варианте фамилия звучит как Жилунов.

С географией фамилии сложно: она редкая и не привязана к одному региону. Встречается разрозненно — от центральных областей до Урала, что подтверждает её прозвищное, а не топонимическое происхождение. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что косвенно говорит о её локальном и нечастом бытовании. Одно можно сказать наверняка: носитель фамилии Жилунова — потомок человека, которого в своей среде выделяли либо физической крепостью, либо особым служебным положением.