Фамилия Жилун — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует внимания к деталям. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, она образована с помощью суффикса -ун, который в древнерусском языке указывал на деятеля: «бегун», «крикун», «ворчун». Соответственно, Жилун — это человек, склонный к некоему действию, связанному с корнем «жи-». Этот корень многозначен: он может отсылать к глаголу «жить» (то есть «живущий», «жизнелюб»), а может — к слову «жила» в значении «сухожилие» или «кровеносный сосуд». В народной речи «жилой» называли крепкого, выносливого человека, а «жилистый» — худощавого, но сильного.

Вторая версия, не менее вероятная, — прозвище по характеру. В диалектах «жила» означала скупого, прижимистого человека, того, кто «тянет жилы» из других. В таком случае Жилун — это «скупец» или «стяжатель». Прозвища с суффиксом -ун часто давались по яркой, иногда неодобрительной черте, и это объяснение выглядит правдоподобнее: в крестьянской среде редко награждали абстрактно-положительными прозвищами, а «жила» как характеристика скряги встречается в говорах повсеместно.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, но из-за редкости её не привяжешь к одному региону. Встречается она в основном в единичных записях, и в ревизских сказках XIX века носители Жилун — почти всегда крестьяне или мещане. Интересно, что в украинской и белорусской среде аналогичная фамилия могла звучать как Жилун або Жилунчик, но с тем же значением — человек с «жилистой» натурой.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком: суффикс -ун в русских фамилиях редок (сравните с фамилиями Бегун, Крикунов, где -ун перешёл в -ов). Это указывает на то, что Жилун могла закрепиться в форме прозвища без патронимического суффикса, что типично для южнорусских и украинских территорий. Если искать однокоренные параллели, то ближе всего фамилии Жилин, Жилов, Жильцов — все они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами и значениями.