Фамилия Жижченко построена по украинской модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVIII веках закрепился в Поднепровье и Слобожанщине как основной способ образования фамилий от личных имен и прозвищ. Первоначально -енко означало «маленький», «сын» или «ученик», то есть Жижченко — буквально «сын Жижки» или «потомок того, кого звали Жижка». Основа здесь — прозвище Жижка, которое, в свою очередь, образовано от слова «жижка» — так в южнорусских и украинских говорах называли жидкую кашицу, похлебку или жижу. Прозвище могли дать человеку с неопрятной внешностью или тому, кто готовил или любил жидкую еду.

Версия, связывающая фамилию с польским словом żyżka («ложка»), менее вероятна, хотя фонетически возможна: на украинской почве «жижка» и «ложка» в некоторых диалектах звучали похоже. Однако словарь украинских прозвищ фиксирует именно значение «жидкая еда» как основное для прозвища Жижка, а польское влияние в центральных областях Украины было слабее, чем в западных.

С географической точки зрения фамилия Жижченко типична для Левобережной Украины — Полтавской, Черниговской, Сумской областей. Там же встречаются однокоренные фамилии Жижко, Жижковский и Жижченков (русифицированный вариант с суффиксом -ов). В XIX веке носители фамилии чаще всего были крестьянами или казаками, так как модель на -енко была массовой именно в этих сословиях и редко встречалась у дворянства, предпочитавшего фамилии на -ский.

Спорным остается вопрос, было ли исходное прозвище Жижка уничижительным или нейтральным. В малороссийской традиции прозвища от названий еды часто давали без злого умысла — по привычке, любимому блюду или профессии. Например, прозвища Каша, Борщ, Сало фиксировались в реестрах XVII века как обычные именования казаков. Жижка стоит в том же ряду.