Фамилия Жмойдян — одна из тех, где национальное происхождение видно сразу. Суффикс -ян указывает на восточноармянские корни и означает принадлежность к роду или местности. В армянском языке это патронимический формант, аналогичный русскому -ов: Жмойдян — потомок Жмойда, человека по прозвищу или имени Жмойд. Интересно, что в западном варианте армянского языка та же фамилия могла бы писаться как Жмойдян, но с другим окончанием, например -янц.

В основе фамилии лежит корень «жмойд», который не имеет прямого значения в современном армянском языке. Вероятнее всего, это прозвище или диалектное слово. Можно предположить, что оно связано с литовским словом «žmuidė» (по-русски — жмудь), обозначавшим в старину одно из балтийских племен, живших на территории современной Литвы. В таком случае Жмойдян — не исконно армянская фамилия, а результат прозвища, данного человеку за связь с этим регионом: предок мог быть выходцем из Жмуди, торговать с этими землями или просто иметь внешность, напоминающую балтийца. В пользу этой версии говорит и то, что армянские фамилии нередко возникали от этнонимов соседних народов.

С точки зрения географии, фамилия Жмойдян встречается в основном среди армянской диаспоры, особенно на юге России и в Закавказье. В самой Армении она редка, что косвенно подтверждает версию о неармянском корне: прозвище могли дать армянину, жившему в многонациональной среде, например в Крыму или на Кубани, где исторически пересекались армянские и балтийские общины.

Дополнительная деталь, которую стоит отметить: фамилия Жмойдян не имеет вариантов с другим суффиксом (например, Жмойдов или Жмойдский), что подчеркивает её чёткую привязку к армянской ономастической модели. Если бы корень был исконно славянским или балтийским, мы бы увидели параллельные формы, но их нет. Это говорит о том, что фамилия сложилась уже в армянской среде, а прозвище было усвоено и переосмыслено по местным правилам.