Фамилия Жмойдина — женская форма от Жмойдин, и её происхождение лучше всего рассматривать через мужской вариант. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Жмойда. Слово звучит необычно, но в русских говорах и соседних языках у него есть несколько значений, и самое вероятное связано с диалектным глаголом «жмоить» — жать, давить, сжимать. В переносном смысле так могли назвать скупого, прижимистого человека («жмот» — слово того же корня, хотя и более позднее). Второй вариант — происхождение от «жмуд» или «жмойдь»: так в старину называли представителей балтского племени жмудь (современные литовцы, жители Жемайтии). В этом случае фамилия могла указывать на этническое происхождение предка — «жмудин», то есть выходец из Жмуди.

Суффикс -ин в фамилии Жмойдин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Жмойды, потомок человека с таким прозвищем. Это типичная русская модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Интересно, что фамилия редкая и географически привязана в основном к северо-западным регионам России — Псковской, Новгородской, Тверской областям. Именно там исторически были сильны контакты с балтскими племенами и сохранялись диалектные слова, не дошедшие до центральных областей.

В словарях русских фамилий (например, у В. А. Никонова) фамилии с основой «жм-» обычно связывают с глаголом «жать», «сжимать», и версия про скупость выглядит более универсальной и понятной для носителя языка. Версия с этнонимом «жмудь» — красивая, но менее вероятна: в письменных источниках такие прозвища фиксируются редко, а фамилии на -ин от названий народов встречаются, но обычно в форме «Литвин», «Татарин», «Чудин». Тем не менее, полностью исключать её нельзя — в пограничных областях прозвища по национальности давали часто.

Таким образом, предок носительницы фамилии Жмойдина, скорее всего, получил прозвище Жмойда за скупость или бережливость (иногда — за манеру крепко сжимать что-то в руке). Фамилия сохранила архаичную диалектную основу, которая сегодня почти вышла из живого употребления. Встречается она крайне редко, что делает её отличным маркером для генеалогического поиска: если фамилия есть в вашем роду, можно с высокой вероятностью предположить корни из Псковщины или Новгородчины.