Фамилия Жамойдина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Жамойдин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я, что сразу указывает на исходное прозвище или имя Жамойда. Это редкий случай, когда в основе лежит не крестильное имя, не профессия, а этноним или географическое прозвище.

Слово «жамойда» — искажённое или народное произношение самоназвания балтского племени жемайтов (жмудь). Жемайты — одна из исторических групп литовцев, населявшая Жемайтию (низовую Литву). В русских говорах и документах XVI–XVII веков выходцев из этих мест часто называли «жамойдами» или «жмудинами». Прозвище могли дать человеку, который переехал из Жемайтии в русские земли, либо тому, кто говорил с характерным «жемайтским» акцентом или торговал с теми краями. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Жамойдин встречается в основном на западе России и в Беларуси — там, где исторически были тесные контакты с литовскими и жемайтскими землями.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Жамойдин», то есть сын или потомок Жамойды. Фамилия закрепилась в крестьянской и мещанской среде, поскольку дворянские роды чаще оформлялись через -ов/-ев и -ский. В писцовых книгах и ревизских сказках XVII–XVIII веков можно найти запись «Жамойда» как прозвище или неофициальное имя, а уже в XIX веке от него возникла фамилия.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище по этническому признаку давали не всем подряд, а только тем, кто выделялся среди окружающих своим происхождением. Если вы носите фамилию Жамойдина, ваши предки почти наверняка были выходцами из западнорусских земель, и в их роду сохранилась память о связи с балтским миром — возможно, ещё с времён, когда границы между Литвой и Русью были зыбкими, а люди свободно перемещались между княжествами.