Фамилия Жнакина — женская форма фамилии Жнакин, а та в свою очередь образована от мужского имени или прозвища Жнака. Основа здесь — корень «жн-», который напрямую связан с действием «жать» (сжимать, давить, собирать урожай). В русских говорах слово «жнака» или «жнека» могло означать человека, который жнет, то есть жнеца, работника на уборке хлеба. Но есть и другая, не менее вероятная версия: прозвище Жнака могли дать человеку с сильными, «жмущими» руками, либо тому, кто отличался скупостью или прижимистостью в быту — «жмется», не тратит лишнего.

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Жнаки. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются на юге и востоке, -ин характерен для регионов, где сохранялось старое склонение существительных на -а. Поэтому географически Жнакины, скорее всего, родом из северных или среднерусских губерний — например, из Ярославской, Костромской, Вологодской или Владимирской областей.

Фамилия редкая, не входит в число часто встречающихся. В документах и переписях XVIII–XIX веков носители фамилии Жнакин могли быть государственными крестьянами или однодворцами — людьми, которые жили земледелием и носили «говорящие» прозвища по роду занятий. Известных исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что типично для крестьянских родов, не попавших в дворянские родословные книги.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Жаткин, Жнецов, Жмыхин, — то Жнакин стоит особняком: в ней сохранился более архаичный вариант корня, без чередования гласных («жнать» вместо «жать»), что может указывать на очень давнее, дописьменное происхождение прозвища. Так что предки носителей фамилии Жнакина, по всей вероятности, были простыми хлеборобами, чей труд и дал им родовое имя.