Фамилия Жокушева образована от мужского имени или прозвища Жокуш, что сразу указывает на её географическое и этническое происхождение. Основа фамилии — тюркская, скорее всего, казахская или киргизская. Слово «жок» в тюркских языках означает «нет», «отсутствует», а суффикс «-уш» может придавать уменьшительно-ласкательный оттенок. Таким образом, Жокуш — это, вероятно, прозвище, данное ребёнку или взрослому человеку с ироничным смыслом: «маленький, которого нет» или «ничтожный». В кочевой среде такие имена-обереги давали, чтобы отвести от ребёнка сглаз или злые силы: считалось, что если назвать сына «несуществующим», злые духи его не найдут.

Суффикс «-ев» в окончании фамилии — это русский патронимический формант, который закрепился при русификации тюркских фамилий в XIX–XX веках. Изначально носитель фамилии был «сын Жокуша» или «человек из рода Жокуша». Важно, что в самой тюркской среде фамилии часто передавались без такого суффикса (просто Жокуш), а окончание «-ев» появилось при документальном оформлении, особенно в советское время, когда унифицировали записи в паспортах.

Редкость фамилии Жокушева говорит о том, что она восходит к конкретному роду или аулу, а не к массовому прозвищу. Встречается преимущественно в Казахстане и среди казахов, живущих в России (Оренбургская, Астраханская области). Поскольку основа прозвища не связана с ремеслом или должностью, предки Жокушевых были, скорее всего, скотоводами-кочевниками, а сама фамилия — личным родовым именем, которое не даёт точной информации о социальном статусе. В отличие от фамилий на «-ов» от русских крестильных имён, здесь мы имеем дело с чисто тюркским прозвищным корнем, который прошёл через русскую бюрократическую машину.