Фамилия Жонкин — редкий пример, где суффикс -ин указывает не на отчество, а на прозвище, образованное от нарицательного слова. Основа здесь — «жонка», хотя в литературном русском языке такого слова нет. Скорее всего, это диалектная или просторечная форма слова «жена» (ср. «жёнка» в южнорусских говорах). Тогда Жонкин — буквально «чей-то муж» или «сын женатого человека», то есть прозвище, данное по семейному положению. В крестьянской среде, где фамилии часто возникали из бытовых характеристик, подобное прозвище могли дать молодожёну или, наоборот, человеку, который долго не женился, — с оттенком иронии.

Есть и другая, менее вероятная версия: от слова «жонка» как искажённого «жокей» или «жонглёр» (через польское или украинское посредство). Но она слабая, потому что такие заимствования проникали в народную речь поздно и редко становились основой фамилий в центральной России. Географически фамилия Жонкин тяготеет к регионам, где было распространено цоканье (замена «ч» на «ц»): например, в рязанских, тульских, тамбовских говорах слово «жёнка» звучало как «жонка». В этом случае фамилия — живая запись диалектного произношения.

С точки зрения словообразования, суффикс -ин здесь работает по той же модели, что и в фамилиях Пушкин, Морозов: от основы на -а/-я. Но если Пушкин — «сын Пу́шки» (прозвище от «пушка»), то Жонкин — «сын Жонки» (человека по прозвищу Жонка). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, потому что в среде высших сословий прозвища от «жены» были бы немыслимы.

Встречается фамилия редко, в основном в центральных областях России. Известных носителей в истории не зафиксировано, что типично для фамилий, возникших из бытовых прозвищ в глухих деревнях. Ценность Жонкина — в том, что он сохранил звучание живой народной речи, которая не попала в словари.