Фамилия Жовтопуп — один из тех редких случаев, когда прозвище почти не скрывается за суффиксом. Она образована напрямую от прозвища, состоящего из двух корней: «жовт» (от украинского «жовтий» — жёлтый) и «пуп» (живот, пупок). Фамилия сложилась по модели «прилагательное + существительное», которая породила множество украинских прозвищных фамилий: Сивокоз, Чорнобрив, Красномовец. Суффикса -ов/-ев здесь нет, поэтому фамилия застыла в форме чистого прозвища, что указывает на её позднее оформление или на то, что носитель получил её уже в виде готового словосочетания.

Вопрос о значении прозвища «Жовтопупий» — самый интересный. Первая и самая очевидная версия — внешний признак: человек с жёлтым животом. Это могло указывать на болезнь (желтуха, проблемы с печенью) или на специфический цвет кожи от загара, грязи или работы (например, у тех, кто постоянно лежал на земле или возился с глиной). Однако в украинской народной культуре «жовтий пуп» могло быть ироничным прозвищем для человека с большим или выпирающим животом, который казался неестественно жёлтым на фоне загорелого тела.

Вторая, менее прямолинейная версия, отсылает к профессиональной или бытовой сфере. «Жовтий» могло означать не только цвет, но и материал: что-то сделанное из жёлтой глины, меди или соломы. Прозвище Жовтопупий мог получить гончар, работавший с жёлтой глиной и запачкавший ею одежду на животе, или человек, носивший за поясом жёлтый предмет. Но эта гипотеза слабее: в украинских говорах нет устойчивого значения «жовтий пуп» как термина ремесла.

Географически фамилия почти наверняка украинская. Сложные прозвища с корнем «жовт-» (Жовтобрюх, Жовтоног, Жовтокрил) распространены в центральных и восточных областях Украины, особенно в Полтавской, Черкасской и Киевской губерниях. Сейчас носителей фамилии Жовтопуп очень мало, и встречается она в основном на юге России и востоке Украины, куда переселялись крестьяне в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксировалась в Черниговской и Харьковской губерниях. Сословно предки, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами — именно в этих средах прозвища с яркой внешней характеристикой закреплялись особенно охотно.