Фамилия Жубикенов — яркий пример казахской ономастической модели, перешедшей в русский документооборот. В основе лежит личное имя Жубикен, которое, в свою очередь, образовано от арабского имени Жубай (Джубай, جُبَيْر) — уменьшительной формы от Джабир (جابر), что значит «утешитель», «восстанавливающий силы», «исправляющий». Аффикс -кен в казахском языке — это ласкательный суффикс, придающий имени оттенок нежности и близости (как, например, в именах Сериккен, Еркен). Таким образом, Жубикен — «маленький утешитель» или «дорогой Жубай».

Словообразовательная модель фамилии проста и типична для тюркских народов, вошедших в состав Российской империи. Русский патронимический суффикс -ов присоединился к основе Жубикен, превратив отчество в наследственную фамилию. Буквально: «сын Жубикена». В Казахстане и среди казахов в России такие фамилии массово фиксировались в XIX — начале XX века при переходе на оседлый образ жизни и получении паспортов.

Географически фамилия Жубикенов наиболее плотно представлена в Западном Казахстане, особенно в Атырауской и Мангистауской областях, а также среди казахской диаспоры в Астраханской и Оренбургской областях России. Это указывает на возможную родовую принадлежность к Младшему жузу, где распространены имена с арабскими корнями в уменьшительной форме.

Спорных версий происхождения у фамилии нет. Корень Жубай/Джубай — хорошо известный в исламской ономастике, а суффикс -кен — прозрачный тюркский формант. Единственное, что может сбить с толку неподготовленного читателя, — это начальное «Жу», которое в русской записи передаёт казахский звук «ж», близкий к твёрдому «дж» в английском. В дореволюционных документах фамилию могли писать как Джубикенов или Жубикенъ.

Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, не принадлежали к высшей степной аристократии (торе или ходжи), так как те чаще носили фамилии на -ин или сохраняли родовые имена без русификации. Жубикеновы — потомки рядовых скотоводов или охотников, получивших фамилию по имени деда или отца, что было самой распространённой практикой среди простого народа.