Фамилия Жученковы — одна из тех, что образованы не от крестильного имени, а от прозвища или мирского имени. Её основа — прозвище Жученя, которое, в свою очередь, связано со словом «жук». Самая прямая версия: Жученей называли черноволосого человека — по цвету жука. Это типичный для русской традиции способ дать прозвище по внешнему признаку.

Но есть и другая сторона. В древнерусской культуре были широко распространены нецерковные имена, образованные от названий животных и насекомых. Давая младенцу имя Жученя, родители могли действовать по обережной логике: считалось, что такая природная «метка» сделает ребёнка своим для окружающего мира, а полезные качества зверя или насекомого перейдут к человеку. Такой обычай был особенно распространён в крестьянской среде до XVII века.

Менее убедительная версия связывает фамилию с прозвищем Жученок, которое якобы восходит к глаголу «жучить» — то есть «терзать выговорами, строго бранить». Сторонники этой гипотезы предполагают, что родители могли назвать ребёнка Жученком «от противного», надеясь вырастить доброго и отзывчивого человека. Однако эта версия натянута: глагол «жучить» имеет явно отрицательный оттенок, и вряд ли его ставили в основу прозвища для ребёнка. Правдоподобнее всё же первая, «жук-черноволосый» вариант.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Жучен- (от Жученя или Жученок) добавился суффикс принадлежности -ов. Суффикс -енк- в основе часто встречается в южнорусских и украинских говорах, где уменьшительная форма «Жученя» или «Жученок» была особенно употребительна. Таким образом, фамилия Жученков — это ответ на вопрос «чей?»: сын Жучени.

Первые документальные свидетельства об однокоренных прозвищах относятся к XVI веку. В записях С. Б. Веселовского упоминаются: Жук Левшин, сын Брюхатого, помещик в Сабельском погосте (1500 год); Жук Прихожий, овруцкий крестьянин (1545); Прокоп Жук, мещанин (1626). Прозвище Жученя — производная форма от того же корня, и именно от неё пошла фамилия Жученков. О точном месте и времени её возникновения говорить сложно: фамилии в русских землях закреплялись неравномерно, и процесс растянулся на несколько столетий. Тем не менее, сама модель (основа на -еня + суффикс -ов) указывает на достаточно раннее происхождение — скорее всего, не позднее XVII века.