Фамилия Жуховцев — редкий пример отчества, образованного не напрямую от имени или прозвища, а от более старой фамилии. Её основа — Жуховец, а суффикс -ев указывает на принадлежность: буквально «сын Жуховца». Такая модель встречается у фамилий, которые закрепились в среде казачества или однодворцев, где семейные прозвища передавались с дополнительным патронимическим суффиксом.

Корень «Жух-» восходит к древнерусскому глаголу «жухнуть» — сохнуть, вянуть, терять свежесть. В говорах «жухлый» означало не только увядшее растение, но и человека с бледным, болезненным видом, а также скупого или угрюмого. Прозвище Жух, от которого пошёл Жуховец, могли дать либо за внешнюю сухощавость, либо за характер — нелюдимого или прижимистого.

Интересная параллель — фамилия Жухов, более распространённая в центральных областях России. Жуховцев же тяготеет к южнорусским регионам, особенно к бывшей Воронежской губернии и землям Войска Донского. Там суффикс -ец часто служил для выделения человека по месту или занятию, но в данном случае он, скорее, входил в состав исходного прозвища, а не указывал на географию.

В словарях фамилия не фиксируется как дворянская или старинно-боярская. Её носители — скорее всего, крестьяне или казаки, получившие фамилию в XVII–XVIII веках, когда прозвище Жуховец закрепилось за конкретной семьёй, а потомки уже записывались как Жуховцевы. Написание с буквой «ё» (Жуховцев) встречается реже и может отражать местное произношение, где ударение падало на первый слог.

Искать однокоренных «родственников» стоит среди фамилий Жухин, Жухов, Жуховицкий — все они, вероятно, вышли из одного гнезда прозвищ, связанных с состоянием или внешностью человека.