Фамилия Жундибаев — редкий случай, когда в основе лежит не тюркское имя или прозвище, а почти наверняка географическое название. Если разобрать её по модели, то перед нами классическая патронимическая форма на -ев, присоединённая к основе «Жундибай». Но само имя «Жундибай» составное: вторая часть «-бай» («богатый», «хозяин», «господин») широко распространена в казахских, башкирских, татарских именах. А вот первая часть «Жунди» — ключ к загадке.

Скорее всего, «Жунди» — это не имя, а топоним. В Казахстане есть река Жунди (приток Ишима) и несколько урочищ с таким названием. В таком случае Жундибай — это человек, который родом с реки Жунди или из местности Жунди, а фамилия Жундибаев буквально означает «потомок того, кто с Жунди». Подобная модель образования фамилий от названий рек и местностей характерна для казахской ономастики: достаточно вспомнить фамилии вроде Есимбаев (от реки Есиль) или Тоболов.

Менее вероятная, но допустимая версия: «Жунди» может восходить к диалектному слову, означающему «сорный», «грубый», «неотёсанный». Тогда имя Жундибай могло быть охранительным — чтобы злые духи не позарились на ребёнка, его нарекали «грубым богачом», то есть не привлекательным для нечисти. Однако географическая версия выглядит убедительнее хотя бы потому, что фамилия Жундибаев встречается почти исключительно в северных и центральных областях Казахстана (Акмолинская, Северо-Казахстанская, Карагандинская), то есть именно там, где протекает река Жунди.

Что касается социального статуса, то носители фамилии — скорее всего, потомки скотоводов или крестьян из Среднего жуза, так как топонимические фамилии на -бай редко встречались у знати. В дореволюционных метриках и переписях фамилия не фиксировалась: массово она закрепилась только в советское время, при паспортизации 1930-х годов. Тогда многих казаков записывали не по родовому имени, а по месту рождения или прозвищу отца, что и закрепило сегодняшний вариант.