Фамилия Жундыбаев — редкая и явно восточного, скорее всего тюркского, происхождения. Её основа, «жундыбай», с высокой вероятностью представляет собой сложное имя или прозвище, образованное по типичной для тюркских языков модели «существительное + бай». Компонент «бай» означает «богач», «хозяин», «господин» и входил во множество личных имён и титулов, указывая на знатность или состоятельность. Первая часть, «жунды», может восходить к казахскому или киргизскому слову «жүн» (шерсть, волос, пух) или «жүнді» (шерстистый, волосатый, пушистый). Таким образом, «Жундыбай» — это имя-пожелание, которое можно перевести как «богатый шерстью», то есть владелец больших отар овец, дающих ценную шерсть. В кочевой скотоводческой культуре такое прозвище было и почётным, и практичным: оно прямо указывало на основу благосостояния семьи.

Модель образования фамилии — русский патронимический суффикс -ев, присоединённый к тюркскому имени. Когда территории Средней Азии и Казахстана вошли в состав Российской империи, начался процесс русификации фамилий. Сына человека по имени Жундыбай в официальных документах записывали как Жундыбаев, то есть «сын Жундыбая». Типичный суффикс -ов/-ев, а не -ин, указывает на то, что основа заканчивалась на согласный или гласный «й». Встречается и вариант написания с буквой «ы» после «ж», что характерно для передачи казахских звуков кириллицей.

Географически фамилия Жундыбаев привязана к Казахстану, в меньшей степени — к Киргизии и Башкортостану. В России она встречается единично, чаще всего у представителей казахской диаспоры. Социальный контекст происхождения ясен: предки носителя фамилии были скотоводами, вероятно, зажиточными, раз само имя подчёркивало их богатство. Никаких следов дворянского или княжеского происхождения у этой фамилии нет — это типичная «народная» фамилия, закрепившаяся в XIX–XX веках.

Однокоренных фамилий немного, но они есть: Жундыбаев, Жундибаев (с буквой «и» в корне), а также фамилии с тем же вторым компонентом — Баймухамедов, Байсултанов, Баймагамбетов. Все они построены по одной схеме: имя-пожелание на «-бай» плюс русский суффикс. Стоит отметить, что в тюркских языках ударение в имени Жундыбай падает на последний слог, но в русифицированной фамилии оно часто смещается на второй или третий слог в зависимости от региона.