Фамилия Жундубаев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, тюркское прозвище, связанное с характером или внешностью. Её ядро — «жундубай», где угадываются два компонента: «жун» (в разных тюркских языках — «шерсть», «волосы», «руно») и «бай» («богач», «хозяин», «господин»). Самая прямая версия: Жундубай — это прозвище человека с густыми, жёсткими волосами, возможно, с окладистой бородой или пышной шевелюрой. «Шерстяной богач» — звучит необычно, но для кочевой культуры, где скот и шерсть были мерой достатка, такое прозвище могло быть ироничным или уважительным.

Суффикс -ев указывает на русское оформление фамилии по патронимической модели. Фамилии на -ев, а не на -ов, обычно возникали, если основа заканчивалась на мягкий согласный или на -й. Здесь «Жундубай» дало «Жундубаев» — «сын Жундубая». Образование шло по стандартной схеме адаптации тюркских имён в русской среде: в документах, при крещении или переписи, прозвище фиксировали с русским окончанием.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где смешивались тюркские и русские традиции: Башкортостан, Татарстан, Оренбуржье, возможно, Казахстан. Встречаемость крайне низкая — это не массовая фамилия, а локальная, что говорит о её происхождении от конкретного родоначальника, а не от распространённого имени.

Сложность в том, что корень «жун» может иметь и другие значения. В некоторых тюркских диалектах «жун» — это «душа», «дух» (ср. казахское «жан»). Тогда Жундубай — «богатый душой», «щедрый человек». Однако фонетически форма «жун» в значении «шерсть» встречается чаще в ономастике (например, фамилия Жунусов от того же корня). Версия с «душой» менее вероятна для прозвища, но полностью исключать её нельзя: в народной этимологии могли переосмыслить имя.

Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам — это крестьянская или казачья фамилия, возникшая в среде оседлых или полукочевых народов. Её носители — потомки того самого Жундубая, которого запомнили либо по густой шевелюре, либо по широте натуры.