Фамилия Жендубаев — одна из тех, что образована от личного имени напрямую, без промежуточного прозвища. Её основа — мужское имя Жендубай, типичное для тюркской и мусульманской традиции. Такие имена нередко давали детям с пожеланием особой судьбы или в честь значимых семейных обстоятельств. Фамилия закрепилась по модели «имя + -ев», характерной для русской передачи тюркских фамилий, особенно у народов, входивших в состав Российской империи.

Имя Жендубай составное. Первая часть восходит к слову «жан» или «джан» — из персидского языка, где оно значит «душа». Этот компонент широко распространён в именах у казахов, киргизов, татар и других народов, придавая имени тёплый, ласковый оттенок. Вторая часть — «дубай» — из киргизского языка, и тут возможны два толкования. Первое: «двойной», что наводит на мысль о близнецах. Имя Жендубай могли дать одному из братьев-двойняшек, чтобы подчеркнуть их парность. Второе значение — «молитвословие с пожеланиями благополучия». В этом случае имя звучит как благословение: родители желали сыну стать достойным мусульманином, живущим в ладу с верой и людьми.

Оба варианта правдоподобны, и выбор зависит от местной традиции. В киргизской и казахской ономастике имена с элементом «жан» встречаются часто, а вот «дубай» — более редкий корень, что делает фамилию Жендубаев не самой распространённой. Географически её стоит искать в среде киргизов или южных казахов, где сохранились архаичные пласты имён. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской канцелярской традиции, скорее всего, в XIX — начале XX века, при фиксации кочевого населения в метриках и переписях.

Если сравнивать с однокоренными, то в том же ряду стоят фамилии Жандубаев, Джандубаев, где первая часть записана через «а» или «дж». Вариант с «е» — Жендубаев — мог возникнуть из-за особенностей произношения или записи на слух: в тюркских языках гласные в первом слоге не всегда устойчивы. Так что написание фамилии может подсказать, из какой именно местности родом её первые носители.