Фамилия Жендубаева образована от тюркского имени Жендубай. Это составное имя, и его части несут разный смысл. Первый корень, «жен», восходит к персидскому «джан» — «душа». Второй, «дубай», в киргизском языке имеет два значения: «двойной» и «молитвословие с пожеланиями благополучия». Скорее всего, имя Жендубай получил один из братьев-близнецов: двойное рождение отразилось в прозвище, а компонент «душа» дал имени тёплый, ласковый оттенок. Впрочем, возможна и другая версия: Жендубай могло быть именем-пожеланием, где «джан» подчёркивает душевную близость, а «дубай» — надежду на благополучную судьбу.

Модель образования фамилии типична для тюркских народов: к основе Жендубай добавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого согласного), а окончание -а указывает на женскую линию. В русской традиции так фиксировали принадлежность к роду: Жендубаева — дочь или жена человека по имени Жендубай.

Фамилия редкая, её географическое ядро, скорее всего, связано с регионами, где пересекались киргизские и казахские анклавы — юг Сибири, Алтай или север Киргизии. Точное время возникновения рода установить без генеалогических изысканий сложно: фамилии у тюркских народов закреплялись в XIX — начале XX века, но письменные источники по таким локальным именам фрагментарны.