Фамилия Жандубаев почти наверняка тюркского происхождения, и её основа — не имя, а сложное слово. Корень «жан» (вариант «джан») в языках тюркской группы, особенно в казахском и киргизском, означает «душа», «дорогой», «любимый». Это распространённый компонент личных имён и прозвищ. Вторая часть, «дуба», скорее всего, восходит к слову «доба» или «тоба» — «молитва», «покаяние», либо к имени собственному Дубай (в значении «верблюжонок»). Таким образом, исходное прозвище или личное имя Жандуба можно перевести как «душа-молитва» или «дорогой, как молитва». Встречается также версия, что «дуба» — это диалектное «дуб» (дерево), но для кочевых народов Средней Азии такое толкование менее вероятно, чем духовно-религиозное.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий. Когда территории Казахстана и Средней Азии вошли в состав Российской империи, местные имена и прозвища стали русифицировать, прибавляя к ним типичные русские окончания. Жандубаев — буквально «сын (или потомок) Жандубы». Такую фамилию мог получить человек, чей предок носил имя Жандуба, возможно, данное ему в честь религиозного чувства или как ласковое обращение.

Фамилия редкая и территориально привязана к Казахстану, особенно к южным и западным областям, а также встречается среди башкир и татар. В русской среде она почти не фиксируется. Интересная деталь: в отличие от многих тюркских фамилий, оканчивающихся на «-ов» (типа Ахметов, Каримов), здесь сохранился «твёрдый» корень без смягчения — Жандубаев, а не Жандубев. Это указывает на то, что основа «дуба» воспринималась как цельное слово, а не как арабское «ду’а» (молитва), которое в других языках могло бы дать форму «Дуаев». Скорее всего, фамилия оформилась именно в казахской среде, где слово «дұға» произносится твёрдо.

О сословной принадлежности первых носителей сказать сложно из-за малочисленности фамилии. Однако в XVIII–XIX веках подобные «именные» фамилии в казахской степи получали в основном представители старшин, биев или зажиточных скотоводов, которые первыми вступали в контакт с русской администрацией. Простой кочевник чаще обходился без фамилии вплоть до советских паспортизаций.