Фамилия Жунковская — яркий пример того, как географическое название становится родовым именем. Её основа — топоним, то есть название населённого пункта, скорее всего, Жунки, Жунково или Жунков. Такие фамилии на -ский/-цкий в старину получали дворяне по названию своего поместья, но со временем модель распространилась и на другие сословия: так могли записать крестьянина, переселившегося из деревни Жунки в другое место, или священника, получившего фамилию по месту служения.

Корень «жунк-» неочевиден и заставляет задуматься. Он может восходить к диалектному слову «жунка» — в некоторых говорах так называли жука или мошку, но это скорее народная этимология. Правдоподобнее версия, что в основе лежит личное прозвище или имя: например, «Жук» (от насекомого или от переносного значения — «хитрый, тёмный человек»), а суффикс -ов- дал фамилию Жунков, от которой уже образовалось притяжательное прилагательное Жунковский («сын Жункова»). Со временем написание и произношение могли упроститься до Жунковская.

Встречается фамилия в основном на западе России, в Беларуси и на Украине — в зоне, где распространены топонимические фамилии на -ский и где корень «жунк-» мог дать название деревне. В польской ономастике есть похожие фамилии Żukowski (Жуковский), и Жунковская может быть восточнославянским аналогом с редуцированным гласным.

Таким образом, носитель фамилии Жунковская — потомок человека, который либо владел землёй в местечке Жунки, либо переехал оттуда, либо был записан по отцу, прозванному Жунком. Точное исходное название поселения сегодня найти трудно, но фамилия хранит память о конкретной географической точке, где жили предки.