Фамилия Жунькова в своей основе содержит редкое и диалектное слово. Её ядро — прозвище или нецерковное имя Жунька, которое, скорее всего, образовано от глагола «жунить» (или «жунеть»). В русских говорах, особенно северных и сибирских, это слово означало «жужжать», «ныть», «говорить монотонно» или «докучать однообразной речью». Соответственно, Жунькой могли прозвать человека, который постоянно что-то бормотал, ныл или надоедал разговорами.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным «жунь» — так в некоторых областях называли оводов или слепней. В этом случае прозвище могло указывать на назойливый характер. Третья гипотеза, почти не подкреплённая данными, — происхождение от варианта крестильного имени Иоанн (Иван) через просторечные формы вроде Жуня, но это маловероятно, так как для уменьшительных форм от Ивана в русском языке есть более типичные варианты (Ваня, Иванка, Ишута).

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей сын?» — Жуньков), а окончание -а — на женскую форму. То есть носительница фамилии — потомок человека по прозвищу Жунька. Географически фамилия редкая, её очаги, по косвенным данным переписей, могут быть привязаны к северным и центральным регионам России, где бытовала соответствующая лексика.

Социально предки Жуньковых, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ов/-ев в этой среде закреплялись в основном после отмены крепостного права, в XIX веке, хотя прозвище могло существовать и раньше. Не стоит искать в фамилии дворянских корней — она из народной гущи, из той среды, где меткое слово могло закрепиться за целым родом.