Фамилия Жунько — одна из тех, где на первый план выходит не корень, а суффикс. Она образована с помощью уменьшительно-ласкательного украинского суффикса -к(о), который в Восточной Украине и на Кубани часто закреплялся в качестве фамильного. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, где суффикс указывает на принадлежность («чей?»), модели на -ко — это бывшие прозвища или внутрисемейные имена, которые позже стали передаваться по наследству.

Основа «жунь» — тёмная и редкая. Самое правдоподобное объяснение: это вариант древнерусского или диалектного слова «жун» или «жунь» в значении «жучок», «насекомое», либо производное от глагола «жужать» (жужжать). В таком случае прозвище Жунь (а потом и Жунько) могли дать человеку с тихим, монотонным голосом, похожим на жужжание, или — в шутку — непоседе, который «жужжит» под ногами. Менее вероятна, но возможна связь с южнославянскими языками, где «жун» означает «мужчина» или «супруг», но для украинской антропонимии это экзотика.

Фамилия географически привязана к западу Украины и югу России. По данным современных переписей, Жунько встречается в Черкасской и Винницкой областях Украины, а также в Краснодарском крае, куда фамилия попала с переселенцами в XIX — начале XX века. Никаких следов дворянства или казацкой старшины с этой фамилией не зафиксировано — носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами.

Словообразовательно фамилия стоит в одном ряду с такими же «жужжащими» прозвищами, как Жук, Жучков, Жуков. Но если Жуков — это прямая отсылка к насекомому, то Жунько, через уменьшительную форму, звучит мягче и могло быть домашним именем ребёнка или подмастерья. В современном языке фамилия сохранила редкий фонетический облик, который не спутать с более частыми Жуков или Журавлёв.