Фамилия Жуненко образована по распространённой в восточнославянских землях модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -енко, который в украинской и южнорусской традиции указывал на потомка («чей сын?» — Жуненко, то есть «сын Жуни»). Такую форму обычно закрепляли за человеком, чей отец носил прозвище Жуня.

Само прозвище Жуня, по данным диалектной лексики, в вологодских говорах означало тихого, медлительного, молчаливого или скрытного человека. Слово «жуня» фиксируется именно в севернорусских говорах, что примечательно для фамилии с южным по происхождению суффиксом. Это говорит о возможном смешении диалектных традиций: прозвище могло возникнуть на севере, а фамилия оформилась уже после переселения носителя на юг или в украинские земли, где суффикс -енко был нормой.

Вероятно, основатель рода Жуненко действительно выделялся спокойным нравом или неразговорчивостью — за это окружающие и дали ему прозвище. Со временем прозвище закрепилось за его детьми и внуками как наследственное имя, полностью вытеснив крестильное. В официальных документах XVII–XVIII веков такие фамилии на -енко сначала фиксировали в реестрах казаков и мещан Левобережной Украины, откуда они затем распространились шире.