Фамилия Жунова — женская форма фамилии Жунов. В основе лежит простое русское прозвище или нецерковное имя Жун. Слово «жун» в русских говорах имело два основных значения. В центральных и южных регионах жуном называли того, кто жуёт, ест медленно и с трудом, отсюда и переносный смысл — вялый, медлительный человек. В северных и сибирских говорах «жун» означало «жужжащее насекомое», чаще всего овода или слепня. Прозвище могли дать назойливому, надоедливому человеку или, наоборот, тому, кто работал с пчёлами.

Фамилия образована по самой распространённой в России модели: к основе Жун- добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — «Жунов сын»). С точки зрения географии фамилия Жунов встречается рассеянно, но заметно чаще фиксируется в Вологодской, Кировской и Архангельской областях, что подтверждает северное происхождение корня. В центральных регионах фамилия редка, что косвенно говорит о том, что основным источником прозвища было именно насекомое, а не качество характера.

Примечательно, что фамилия Жунов не имеет однозначных параллелей в других славянских языках, где корень «жун» не встречается. Это указывает на её чисто русское, диалектное происхождение. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего записаны крестьянами и однодворцами. Встречается вариант написания с «ё» — Жёнов, но он крайне редок и, скорее всего, связан с местным произношением, а не с другим корнем.