Фамилия Жунин образована от прозвища Жуня. Оно восходит к диалектному нарицательному «жуня», которое в вологодских говорах употреблялось в значении «тихо говорящий, медлительный»; «скрытый, молчаливый». Вероятно, прозвище содержало указание на особенности характера и поведения основателя фамилии (скромность, неразговорчивость). Возможно также, что прозвище Жуня выполняло «охранительную» функцию и использовалось в качестве оберега. В данном случае, надеясь иметь общительного, веселого, задорного мальчика, родители назвали его Жуней. Так и прозвище Жуня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Жунин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Жуня, со временем получил фамилию Жунин.