Фамилия Жунин — один из тех родовых знаков, которые хранят память о прозвище, а не о крестильном имени. В её основе лежит прозвище Жуня, и здесь нам повезло: значение этого слова не утеряно, его зафиксировали вологодские говоры. В них «жуня» — человек тихо говорящий, медлительный, скрытный и молчаливый. Казалось бы, прозвище указывает на характер: предок был не из разговорчивых, спокойный, себе на уме.

Но есть и вторая, не менее интересная версия. В народной среде верили в силу имени-оберега. Жуней могли назвать нарочно, чтобы обмануть нечистую силу: родители желали видеть сына бойким и весёлым, а давали прозвище с противоположным смыслом — «тихоня». Считалось, что злые духи не позарятся на такого ребёнка, и он вырастет здоровым и общительным, вопреки прозвищу. Этот обычай был широко распространён у славян, и фамилия Жунин вполне могла возникнуть именно из такого охранительного имени.

Суффикс -ин указывает на модель «чей?» — то есть «сын Жуни», «потомок Жуни». Это типичная русская патронимическая форма, самая распространённая в северных и центральных областях России. Поскольку слово «жуня» — диалектное, вологодское, логично предположить, что корни фамилии тянутся именно в те края, в Вологодчину или соседние области Русского Севера.

Сравните с однокоренными фамилиями — Жунев, Жуняев, Жуняков. Они образованы от тех же основ, но с разными суффиксами, что говорит о многообразии прозвищных форм в одной языковой среде. Жунины — лишь один из вариантов, который со временем закрепился в документах как фамилия. Точное время её возникновения установить сложно: процесс перехода прозвища в фамилию был долгим и не всегда привязан к одной дате или местности. Для окончательных выводов потребуются серьёзные генеалогические изыскания.