Фамилия Жонины — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не русское, а тюркское слово. Самая убедительная версия отталкивается от киргизского «жон» — «гребень горы» или «горный хребет». Прозвище Жона могли дать человеку, жившему у подножия или на склоне, либо тому, кто родился в гористой местности. Эта гипотеза выглядит предпочтительнее прочих именно из-за прозрачной семантики: в тюркских языках географические прозвища — распространённое явление.

Менее вероятная, но всё же встречающаяся в любительской ономастике версия связывает прозвище Жона с украинским «жона» — «жена». Если следовать этой логике, Жоной могли прозвать примерного семьянина или, наоборот, подкаблучника. Однако здесь слабое место — суффикс -ин. В русской модели фамилий на -ин основа обычно заканчивается на -а или -я (Жона → Жонин). Украинские фамилии с той же основой чаще оформлялись бы через -енко или -ук, поэтому версия с «женой» держится на допущениях.

Морфологически фамилия Жонин — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: сын Жоны. Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на сословную принадлежность — такую форму могли носить и крестьяне, и посадские люди.

Фамилия географически редкая. Встречается в основном на юге Западной Сибири и в некоторых районах Урала — там, где исторически были контакты русского населения с тюрками. Возможно, предки Жониных были выходцами из Средней Азии или Казахстана, осевшими в русских землях.

Из известных носителей — Михаил Жонин (род. 1974), театральный актёр. Это единственная публичная фигура с такой фамилией, которую удаётся проверить по открытым источникам. Других знаменитых Жониных в истории не зафиксировано, что подтверждает редкость рода.

Окончательно установить, откуда пошли Жонины, можно только через архивные метрические книги и ревизские сказки. Версия с «горным хребтом» остаётся основной, но без генеалогического исследования она — лишь обоснованная догадка.