Фамилия Жонин образована от прозвища Жона. Предположительно, оно ведет свое начало от киргизского нарицательного «жон» - «гребень горы», «горный хребет». Вероятно, прозвище Жона содержало указание на особенности места жительства основателя фамилии (недалеко от гор). Согласно другой, менее вероятной гипотезе, прозвище Жона восходит к украинскому слову «жона» - «жена». В таком случае Жоной могли прозвать женатого человека, хорошего семьянина. Таким образом, потомок человека, которого звали Жона, со временем получил фамилию Жонин. Известным представителем фамилии является Михаил Жонин (род. 1974) – театральный актер.